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Die MRT ist als nicht strahlenbelastende Untersuchung mit deutlich selteneren Kontrastmittelnebenwirkungen zunehmend eine Alternative zur Computertomographie. Besonders die MRT-Diagnostik der Leber und der Organe des Beckens ist der CT überlegen. Mit modernen MRT-Systemen sind sogar Darstellungen der Lunge und der Blutgefäße möglich, die bisher noch ausschließlich der CT vorbehalten waren.

Die MRT erlaubt eine Darstellung der Gallenwege ohne Kontrastmittelgabe oder Spiegelung (MRCP). Sie kann bestimmte Gewebe besser charakterisieren und so helfen, zwischen gutartigen und bösartigen Veränderungen zu unterscheiden.